医院公休假通常不应扣绩效奖金。从法律角度看，公休假是劳动者的合法权益，单位应保障员工休假权利，且休假期间工资待遇不应受影响。若医院违规扣减，可能构成对劳动者权益的侵犯。若发现绩效奖金被无故扣减，且医院不予合理解释或补偿，问题就比较严重了，应及时寻求法律援助。
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从法律角度，针对医院公休假扣绩效奖金问题，在不同情况下的具体处理方式如下：1. 若扣减原因不明，首先应与医院人事部门沟通，明确扣减依据及理由，要求医院提供书面解释或说明。2. 若医院给出的解释不合理或无法令人信服，可准备相关证据材料（如劳动合同、工资条、休假记录等），向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并出具处理意见。3. 若劳动监察部门处理结果不满意或医院仍不改正，可考虑提起劳动仲裁，由仲裁委员会依法裁决。仲裁期间，应积极参与调解，争取达成和解或调解协议。4. 若仲裁结果仍不满意，且符合起诉条件，可依法向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。诉讼期间，应严格遵守法庭规则，积极举证质证，配合法院审理工作。
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从法律角度，处理医院公休假扣绩效奖金问题的方式主要有：与医院人事部门沟通协商，了解扣减原因并要求合理解释或补偿；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，由其介入调查处理；必要时，还可提起劳动仲裁或诉讼，维护自身合法权益。选择处理方式时，应综合考虑问题的严重程度、个人实际情况及成本效益等因素。